第两百三十五章长门与佩恩（2/2）
宇智波斑死后，宇智波带土（面具男“阿飞”）按照宇智波斑的吩咐和绝找到三人，自称“斑”，试图拉拢长门，但被弥彦阻止。弥彦死后，长门再次遭受失去重要之人的巨大打击，他意识到之前找到的答案根本就一文不值。认定只要在这个被诅咒的世界，不会有真正的和平，人与人之间是永远不会相互理解的，对和平的理解走上了极端。于是长门和宇智波带土合作，计划收集尾兽，开发新的禁术，制造尾兽兵器，获得可以瞬间摧毁一个国家的力量，靠人类对那些痛楚的恐惧来抑制战争，以痛苦的方式引导世界，让世界走向和平。晓也因此改变了性质，从原来的雇佣兵组织变成了一个由s级叛忍组成的邪恶组织。
与宇智波带土合作
对战自来也
自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。之后见到了佩恩及小南，这才知道原来晓首领佩恩是自己在第二次忍界大战末期在雨隐之村所收的徒弟——长门。冷酷无情的佩恩已不再顾念师徒之情，师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，并召来两位蛤蟆仙人（深作及志间仙人）相助，成功打败了三个佩恩。但因之后不了解佩恩六道的能力，所以最终被佩恩六道打败而牺牲。但最后自来也查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，佩恩六道均为傀儡忍者，受长门操控）。
摧毁木叶
佩恩六道袭击木叶
佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力——漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。[10]期间与卡卡西交战[11][12]，并杀死了卡卡西[13]，在用人间道得知了鸣人在妙木山后[14]，控制天道来到木叶上空，然后用畜生道将修罗道、人间道、饿鬼道、地狱道还有小南通灵到木叶村外，不惜以缩短寿命的代价，执意使用神罗天征将整个木叶隐村摧毁！之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。
佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。[22]鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。[23]长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后[23][7][24][25]，鸣人拿出了自来也写的第一本书《毅力忍传》。[25]《毅力忍传》的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。[9]经过一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾少年时期的梦想[9]，放弃和宇智波带土的原定计划，用外道·轮回天生之术复活了在佩恩一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人后力竭而亡。
忍界大战
第四次忍界大战时期，长门被药师兜用秽土转生复活，并与宇智波鼬一起行动。后被兜控制与鸣人和奇拉比战斗。失去意识的长门，缺乏自主机动性。在吸收奇拉比的八尾查克拉后身体恢复了原来年轻的状态，但由于腿上的伤，依然无法自如行动，兜便以通灵兽的轮回共享视野弥补这一缺点，相继捕获鸣人与奇拉比，两人危在旦夕。但最终却因中了别天神而脱离兜控制、隐蔽起来的宇智波鼬从死角射出苦无破坏共享视觉共享而失手。之后长门使出地爆天星，鼬分析出地爆天星的特征以及弱点并引导鸣人与奇拉比一起合力使用最强远程攻击忍术破解了地爆天星，随即长门被宇智波鼬的十拳剑所封印。
秽土转生
在临死之际，长门恢复了意识，对自己的一生做了评价，充分认同师父自来也的第一部作品，给予了堪称完美的评价；对自己的第二部作品给予了一般评价；并把希望寄托于鸣人，希望鸣人的第三部——完结篇，能够完美落幕，抹掉自己的第二部的缺憾。
最后，长门带着希望，含笑而逝。首先，长门的目的是剥离鸣人体内的九尾，只要自来也还存在，那么就会让佩恩的失败几率增加。大家不要忘了，自来也一个人就干掉了两个佩恩，要是他知道佩恩的情报，没有被偷袭的话，他或许真的会逆袭。长门不希望自己的计划出现任何的变数。
其次，他是为了防止情报泄露。如果长门单纯只是不让自来也帮助木叶的话，他完全可以选择把自来也囚禁。可是他并没有这么做，就是因为他害怕有关自己的资料会流传出去。自来也作为三忍，肯定有很多稀奇古怪的忍术。哪怕是把他绑起来，自来也或许都有办法逃脱。所以，长门干脆选择快刀斩乱麻，直接杀死自来也以此来做到永绝后患。而且自来也其实也是比较决绝的，他有机会逃走，但是他为了获取更多的情报所以才会选择和佩恩死战。只可惜他的这些情报并没有为木叶提供多少帮助。
还有，长门并没有大家想象的那么善良。原来的那个长门的确是一个小天使，但是自从弥彦死去之后，原来的那个长门也死去了，现在活下来的不过是一个恶魔。当一个人真的举起屠刀之后，他就很难再放下去了。自来也是长门和这世界之后的羁绊，当他杀死这个世界之后，他对这个世界就再约没有怀念，而是可以安心继续自己的复仇大计了。所以很多人说，长门是可恨的，同时又是可怜的。或许正是因为长门是那种纯粹的人，所以他在正义阵营的时候才会非常的善良，而在化身为魔之后变得异常邪恶。
还有，就是剧情杀的因素了。其实从剧情上来说，自来也是完全可以不死的。但是为了 ＞＞